تم تطبيق تكنولوجيا النظم الخبيرة خلال السنوات القليلة الماضية بنجاح في الآلاف من المنظمات عالميا على المشاكل التي امتد مداها من بحوث نقص المناعة المكتسبة الى تحليل الغبار في المناجم، ومن أهم فوائد النظم الخبيرة:
1. زيادة الإنتاجية والمخرجات، فمثلاً في شركة DEL التي هي جزء من شركة COMPAQ، يقوم النظام الخبير بتخطيط المواصفات للمكونات لكل طلب للزبون، وبذلك تزيد من التهيئة للإنتاج أربعة أضعاف.
2. زيادة الجودة، فالنظم الخبيرة تستطيع تقليل نسب الخطأ..
3. اخذ ونشر الخبرة النادرة، فمثلاً يستخدم الأطباء في مصر والجزائر نظام خبير للعناية بالعين تم تطويره في جامعة (روتغرس) للتشخيص والتوصية بالعلاج
4. العمـل في البيئة الخطرة، فالنظم الخبيرة التي تفسر المعلومات التي يتم جمعها بواسطة المتحسسات تجنب العاملين من العمل في البيئات الحارة، والرطبة أو السامة
5. الوصول إلى المعرفة ومكاتب المساعدة، حيث تستطيع النظم الخبيرة زيادة إنتاجية الموظفين أو حتى أتمتة عمل هذه المكاتب.
6. الاعتمادية، فالنظم الخبيرة لا تتعب ولا تمل أو تمرض. إنها تعير الاهتمام إلى التفاصيل ولا تهمل المعلومات الجانبية المتعلقة.

7- زيـادة قابليات أنظمة أخرى، حيث يمكن أن تتكامل النظم الخبيرة مع أنظمة أخرى، مما يجعل النظم الأخرى أكثر فاعلية .
8- القابلية على العمل مع المعلومات الناقصة أو غير المؤكدة، حتى مع الإجابة “لا اعرف” أو”غير متأكد” يستطيع النظام الخبير أن يولد إجابة على الرغم من إنها قد تكون غير مؤكدة .
9- توفير التدريب، فالمبتدئون الذين يعملون مع النظم الخبيرة يصبحون أكثر خبرة ويعود الفضل إلى وسائل التفسير التي تخدم كوسائل للتعليم وقواعد المعرفة .
10- تحسين اتخاذ القرار وقابليات حل المشكلة .
11- تقليـل وقت اتخـاذ القرار، فالنظم الخبيرة تستطيع اتخاذ قرارات أسرع من قرارات البشر الذين يعملون وحدهم .
12- تقليلا وقـت الأعطال، حيث تستطيع النظم الخبيرة تشخيص الأعطال بسرعة وتصف عمليات التصليح. مثلاً هناك نظام خبير يسمى    drilling advisor يستطيع اكتشاف الأعطال في الأجهزة النفطية حيث أنه يحقق توفيراً في كلفة وقت الأعطال بمقدار   250000$  في اليوم الواحد .
وبالرغم من فوائدها العديدة فإن مناهج النظم الخبيرة المتوفرة ليست دائما مباشرة ومؤثرة .

الصعوبات التي تحد من انتشار النظم الخبيرة
1. المعرفة التي يجب أن تكتسب ليست متوفرة دائما.
2. الخبرة صعبـة الاستخلاص من البشـر.
3. إن توجه كل خبير إلى حالة معينة قد تكون مختلفة، رغم ذلك فهي صحيحة.
4. من الصعب حتى لخبير ذي مهارة عالية تخمين الحالات بشكل دقيق حينما يكون تحت ضغط زمني.
5. لمستخدمـي النظم الخبيرة حدود إدراك طبيعية لذلك فإنهم قد لا يستخدمون الفوائد من النظام إلى المدى الكامل.
6. إن النظم الخبيرة تعمل جيدا فقط ضمن موضوع ضيق ومحدد مثل تشخيص العطل في ماكينة معينة.
7. إن معظم النظم الخبيرة ليس لها وسائل مستقلة لفحص فيما إذا كانت الاستنتاجات معقولة وصحيحة.
8. إن المفردات التي يستخدمها الخبراء للتعبير عن الحقائق والعلاقات تكون محددة وقد لا يفهمها الآخرون.
9. قلة الثقة من قبل المستخدمين قد تكون عائقا لاستخدام النظم الخبيرة.
10. عملية نقـل المعرفة هي عرضة للتغيرات في الإدراك والحكم.
11. إن احتمـال النصيحـة الخاطئـة التي يوفرها النظام الخبير تكون صعبة التقييم.
12. بالإضافة إلى ذلك فان النظم الخبيرة قد لا تكون قادرة على الوصول إلى استنتاجات (خصوصا في المراحل الأولى من تطوير النظام).